С недавнего времени Яндекс перестал учитывать ссылки, имеющие атрибут rel=nofollow, по аналогии западных поисковиков. Это заметили некоторые оптимизаторы после последних апдейтов. Также у себя в помощи для вебмастеров сотрудники Яндекса опубликовали информацию про внешние ссылки, отображающиеся в панели.

В сервисе отображаются все найденные роботом ссылки на ваш сайт. Причины, по которым некоторые ссылки могут не показываться:

• страница не переиндексирована – ее нет в результатах поиска Яндекса;
• ссылка содержит атрибут rel=“nofollow”;
• сылка является ссылкой с изображения;
• ссылка не ссылается непосредственно на ваш сайт, а делает это через промежуточную страницу с редиректом
• ссылка появилась на странице недавно и эту страницу робот еще не успел переиндексировать.

По идее, если ссылки не отображаются, то они не учитываются при подсчете ссылочных весов.